Gli Organi collegiali della scuola sono stati introdotti dal DPR 416/1974, e la relativa disciplina è poi confluita nel D.Lgs.297/1994 (Testo Unico delle leggi sulla scuola); modifiche sono state introdotte sia pur in piccola parte dalla L.107/2015 (a riguardo in particolare del Comitato per la valutazione del servizio dei Docenti).
Tali Organi nella scuola secondaria di 2° grado sono i seguenti: Consiglio di Istituto (e Giunta esecutiva del medesimo Consiglio), Collegio dei Docenti, Consiglio di Classe, il Comitato per la valutazione del servizio dei Docenti. Vi si può aggiungere anche l'Organo di Garanzia previsto dal DPR 249/1998 come modificato dal DPR 235/2007 (Statuto delle studentesse e degli studenti della scuola secondaria), evoluzione del Consiglio di Disciplina di cui all'art.7 del DPR 416/1974.
Il Consiglio d'Istituto è l'organo di governo dell'istituzione scolastica; nelle scuole secondarie di secondo grado con popolazione superiore a 500 studenti, il Consiglio è composto dal 18 membri: 8 Docenti, 4 Genitori degli studenti, 4 Studenti, 2 rappresentanti del personale ATA, il Dirigente scolastico; è presieduto da un genitore eletto in seno al Consiglio. Il Consiglio esprime una Giunta esecutiva composta da 1 Docente, 1 ATA, 2 Genitori, il Dirigente scolastico, il Direttore dei servizi generali e amministrativi.
Il Collegio dei Docenti è composto da tutti i Docenti di ruolo e non di ruolo in servizio nell'Istituto, ed è presieduto dal Dirigente scolastico; ha potere deliberante in materia di funzionamento didattico dell'Istituto; può essere articolato in Dipartimenti; negli Istituti in cui sono presenti diversi indirizzi di studio possono funzionare Collegi di settore.
Il Consiglio di Classe nella scuola superiore è composto da tutti i Docenti della classe, da 2 rappresentanti dei Genitori degli studenti della classe e da 2 rappresentanti degli Studenti. E' presieduto dal Dirigente scolastico o da un suo delegato. Ha compiti educativi e didattici in riferimento alla classe.
Il Comitato per la valutazione dei Docenti, oltre alla funzione di valutazione di tale servizio, ha ora, dopo le modifiche apportate dalla L.107/2015 (art.1, c.129) la funzione di stabilire i criteri per la valorizzazione dei Docenti (cosiddetto "bonus"); per quest'ultima funzione la sua composizione prevede la presenza di 3 Docenti (2 scelti dal Collegio dei Docenti e 1 dal Consiglio di Istituto); 1 rappresentante dei Genitori ed 1 degli Studenti scelti dal Consiglio di istituto; 1 componente esterno designato dall'USR tra Docenti, Dirigenti scolastici e Dirigenti tecnici).
L'Organo di Garanzia è disciplinato dall'art.5 dello Statuto delle Studentesse e degli Studenti, ed è composto da 1 rappresentante dei Docenti, 1 dei Genitori ed 1 degli Studenti; è presieduto dal Dirigente scolastico. Vi possono ricorrere Studenti e Genitori in opposizione a sanzioni disciplinari erogate a carico degli Studenti.